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發(fā)布時間:2023-07-04 11:13:28 作者:學(xué)術(shù)小編 來源:m.ld2008.cn
NGS檢測則無需對病原體進(jìn)行分離培養(yǎng),也不依賴已知核酸序列,可直接對標(biāo)本進(jìn)行測序鑒別, 大大 節(jié)省了檢測時間,提高了診斷效率,在對未知物種及難以培養(yǎng)的病原體鑒定方面具有無可比擬的優(yōu)勢。 NGS 在病原體鑒定方面的應(yīng)用主要有2種形式 , 即rRNA基因測序和全基因組測序(whole genome sequencing, WGS)。
NGS實(shí)驗(yàn)流程是一個文庫制備→芯片捕獲→測序→數(shù)據(jù)分析的過程,基于NGS測序技術(shù)有三類檢測方案: Panel檢測是針對某一特定類別疾病的相關(guān)基因,如下圖-中圖: (1)基因研究清楚的特定表型的診斷。
目前二代測序(NGS)已成為中國臨床腫瘤醫(yī)生常用檢測工具, 中國臨床腫瘤學(xué)會(CSCO)腫瘤生物標(biāo)志物專家委員會發(fā)布的第1個NGS臨床應(yīng)用調(diào)研顯示, 大于30%的腫瘤科醫(yī)生每月NGS檢測量超5個, 而中國超過90%臨床醫(yī)生需要NGS報(bào)告解讀支持。
基于NGS技術(shù)檢測腫瘤體細(xì)胞變異的實(shí)驗(yàn)流程可概括為以下幾個主要環(huán)節(jié):樣本采集及質(zhì)量控制、DNA提取、文庫制備、測序、基因組數(shù)據(jù)生成及數(shù)據(jù)分析。其中, 數(shù)據(jù)分析可進(jìn)一步拆解為三個流程:變異識別(variant identification)、變異注釋及過濾(variant annotation and prioritization)、變異的臨床解讀(interpretation of clinical significance)。